Werking. De LOPAR of HIPAR detecteerde een target en presenteerde dit target op een beeldbuis in de BCT. De vuurleidingsofficier (Battery Control Officer/BCO) stelde met behulp van de IFF vast of het eventueel een 'eigen' vliegtuig betrof. Als dit niet het geval was, wees hij het target toe aan de RCT. De bediening van de TTR richtte de TTR op het target en bracht een 'lock' tot stand. Als de TTR werd gestoord kon met de TRR de afstand tot het target worden bepaald. De informatie vanuit de TTR (en eventueel TRR) werd door de computer omgezet in de positie, hoogte, koers en snelheid van het target en aan de BCO gepresenteerd. Tevens gaf de computer het berekende onderscheppingspunt weer. Op basis van deze informatie bepaalde de BCO dan of het target met inachtneming van de tactische randvoorwaarden kon worden onderschept.

Op de LA waren ondertussen de missiles geprepareerd. Vanuit de LCT werd een Launcher Section geselecteerd, de sectie selecteerde een launcher nadat deze in de nagenoeg verticale positie was gebracht. De MTR was 'ge-locked' op het signaal dat het geselecteerde missile uitzond. Als de BCO de vuurschakelaar overhaalde, ging dit signaal vanuit de BCT via een interarea cable naar de LCT, vandaar naar de geselecteerde Launcher Section en vandaar naar de geselecteerde launcher. De launcher gaf het afvuursignaal door naar het missile waarop de booster ontstak. Het afvuursignaal bevatte ook de initiële richting vanaf de launcher naar het onderscheppingspunt. De booster produceerde bijna 79.000 kg stuwkracht gedurende 3,4 seconden waarmee het missile een snelheid van ruim 2000 km/u op een hoogte van goed een kilometer bereikte. Bij het uitbranden van de booster scheidde deze zich af van de eigenlijke missile. Het missile voerde een rolbeweging uit naar het onderscheppingspunt, de missile motor werd ontstoken en het missile maakte een duikbeweging in de richting van het onderscheppingspunt. De missile motor leverde gedurende 29 seconden een stuwkracht van 6124 kg waarmee het missile naar zijn maximale snelheid van ca. 4000 km/u werd gestuwd.

Vanaf het moment dat de booster zich scheidde van de missile werd de missile bestuurbaar. De computer in de BCT berekende continu het onderscheppingspunt en de benodigde stuursignalen voor het missile. De stuursignalen werden door de MTR naar het missile gezonden en door het missile omgezet in de nodige uitslagen van de stuurvlakken. Op het moment dat target en missile samenkwamen genereerde de computer een ontstekingscommando voor het missile. Dit commando werd door de MTR naar het missile verzonden, waarop de warhead detoneerde. Door de scherfwerking en luchtdruk werd het target vernietigd.

Een onderschepping met een nucleaire missile verliep identiek. Alleen moest bij de preparatie van het missile door VS-personeel de veiligheid van het nucleaire warhead (de Permissive Action Link) worden verwijderd waarna de arming plug kon worden geïnstalleerd. Op de BCO rustte de verantwoordelijkheid om het nucleaire missile in te zetten conform de tactische aanwijzingen zoals bepaald door de hogere NAVO-leiding.

Met de NIKE Hercules konden ook Surface-to-Surface (SS) missies worden uitgevoerd. Hiervoor werden uitsluitend nucleaire missiles gebruikt. Een SS-missie werd vanuit de NAVO opgedragen, de opdracht bevatte o.a. het doelcoördinaat en -hoogte, detonatietijdstip en het soort explosie: lucht- of gronddetonatie. De BCO moest uit deze gegevens afstand en richting tot het doel berekenen waaruit de vluchttijd volgde. De TTR werd vastgezet op de berekende waarden voor afstand en richting. Voor een luchtexplosie moest de barometrische ontstekingswaarde berekend worden; deze werd vóór lancering in het missile ingevoerd. Nadat het missile door US-personeel was 'ge-armed', kon het missile op het berekende afvuurtijdstip worden afgevuurd. Het missile werd in eerste instantie naar een punt 60.000 voet (18 km) recht boven het doel geleid. Daar aangekomen ontving het missile een 'dive command' en dook dan loodrecht naar beneden op het doel. Vlak voordat het missile achter de radarhorizon van de MTR zou verdwijnen ontving het missile het burst command en werd de geleiding gestaakt. Het missile detoneerde echter nog niet. Dat gebeurde pas als bij een luchtexplosie het missile de ingevoerde barometrische ontstekingshoogte passeerde, of bij een grondexplosie bij contact met de grond. Tijdens de 30 minuten preparatie voor een SS-missie en tijdens de vlucht kon het NIKE-systeem geen luchtverdedigingsoperaties uitvoeren.

Het NIKE-systeem kon slechts één target tegelijk volgen en onderscheppen, daarbij kon slechts één missile tegelijkertijd worden geleid. Daardoor was de vuursnelheid relatief laag.